Через четверть века после Усть-Муи в 1740 году основалась деревня Средняя Муя или она ещё называлась Ближняя Муя. Просуществовав 261 год её перенесли на новое место.

Кто её основал неизвестно, но самыми распространёнными фамилиями в деревне были Пентюховы и Митюковы. Пореже встречались такие фамилии как Рыбкины, Анциферовы, а совсем редко, видимо кто-то из ссыльных – Чебанов. Деревня хорошо была расположена, земли были плодородные, и она быстро начала разрастаться.
К 1926 году деревня уже имела 62 двора и 329 душ обоего пола. Имелась торговая лавка, которая принадлежала купцу Кильштоку Иосифу Абрамовичу, 1841 г.р. и его жене Анне Самойловне, 1858 г.р. В лавке торговали его внуки Абрам Иосифович, 1900 г.р. и Семён Иосифович, 1902 г.р.
Была начальная школа. Колхоз в Средней Муи назывался «Путь Ленина» и руководил им некий Пентюхов Д.
Средне-Муйский сельский Совет рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов, Усть-Удинской волости, Зиминского уезда, Иркутской губернии был образован в 1925 году.
В состав Средне-Муйского сельского Совета входили населённые пункты: с. Средняя-Муя, деревни Усть-Муя, Дальняя Муя и заимка Катунцева. В с. Средняя-Муя размещался колхоз «Путь Ленина»; в д. Усть-Муя – колхоз «Имени Калинина»; в д. Дальняя-Муя – колхоз «Охотник».
Скоро, как и во всех деревнях района прошла первая волна репрессий – раскулачивание. Под неё попали такие зажиточные мужики, как: Митюков Иван Ксенофонтович, 1903 г.р., Митюков Даниил Ксенофонтович, 1883 г.р., Митюков Гавриил Григорьевич, 1890 г.р., Пентюхов Александр Павлович, 1876 г.р., Рыбкин Григорий Гордеевич, 1878 г.р., Пентюхов Осип Михайлович, 1872 г.р., Митюков Никита Кононович, 1870 г.р.
При раскулачивании конфисковали имущество и высылали за пределы района, а вот при второй волне репрессий – расстреливали или отправляли в лагеря:
Пентюхов Дмитрий Филиппович, 1899 г.р., уроженец д. Средняя Муя, проживал в Новой Уде, крестьянин-единоличник, б\п, русский, малограмотный, арестован 01.09.1938 г., расстрелян 13.10.1938 г. в Иркутске.
Пентюхов Николай Александрович, 1896 г.р., уроженец д. Средняя Муя Усть-Удинского р-на Иркутской обл., проживал в д. Шипицино Усть-Удинского р-на Иркутской обл. Зав. отделением «Востсибпушнина» в д. Шипицино, б\п, русский, малограмотный, арестован 07.07.1938г., тройкой УНКВД Иркутской области 10.09.1938 г. по ст. 58-2, -7, -10, -11 УК РСФСР приговорен к расстрелу (исполнено 13.10.1938г. в Иркутске), реабилитирован комиссией Иркутской области по пересмотру уголовных дел на осужденных за контрреволюционные выступления 31.01.1955 г.
Пентюхов Осип Михайлович, 1888 г.р., уроженец д. Средняя Муя, проживал на заимке Кижа, крестьянин-единоличник, б\п, русский, малограмотный, арестован 01.09.1938г., расстрелян 13.10.1938г. в Иркутске.
Новая беда свалилась на среднемуйцев, в 1941 году началась самая жестокая война. Жители Средней Муи, как и во всем Советском Союзе уходили на фронт. Через четыре года кто-то вернулся в родную деревню, а кто-то остался на поле боя.

Погибшие среднемуйцы на фронтах Великой Отечественной войны:

Анциферов Кузьма Илларионович родился в 1898 году в семье Иллариона Львовича и Параскевы Якимовны в д. Средняя Муя. Призван 17 февраля 1942 г. Усть-Удинским РВК. Когда уходил на фронт у Кузьмы Илларионовича было трое детей: Люба, Клава, Саша, да дочь Анна от первого брака жены Степаниды. Рядовой, стрелок. Пропал без вести в августе 1942 г. Сообщено жене Анциферовой Степаниде Филипповне, д. Средняя Муя.

Митюков Григорий Иванович родился в 1902 году в д. Средняя Муя. Призван в сентябре 1941 г. Усть-Удинским РВК. Рядовой, стрелок. Пропал без вести в апреле 1942 г. Сообщено жене Митюковой Евдокии Ильиничне, д. Средняя Муя.
Митюков Иван Александрович родился в 1916 году в д. Средняя Муя. Призван Усть-Удинским РВК. Рядовой, стрелок 763-го стр. полка (114-я стр. див. 7-я армия Карельский фронт).
14 апреля 1942 года близи деревни Сярг-Озеро в одном из боёв Иван Александрович был убит. Но похоронить сослуживцы солдаты не успели – враг захватил обороняемый рубеж и отбросил наши войска. Лишь в июле того же года, в ходе одного из наступлений, тело Ивана было найдено и с почестями захоронено в районе д. Пярт-Озеро Подпорожского р-на Ленинградской области. Сообщено жене Митюковой Елене Демидовне, д. Средняя Муя.

Митюков Степан Данилович родился в 1908 году в д. Средняя Муя. Призван в феврале 1942 г. Усть-Удинским РВК. Рядовой, стрелок. Пропал без вести в августе 1942 г. Сообщено жене Митюковой Анисьи Демидовне, д. Средняя Муя.
Митюков Степан Филиппович родился в 1909 году в д. Средняя Муя. Призван Усть-Удинским РВК. Рядовой, сапёр 294-го отдельного сапёрного батальона 114-й стрелковой дивизии 7-й армии Карельского фронта. Убит в бою с белофинами 19.03.1943 г. в районе развилки дорог Тененичи – Бардовская Лодейнополского р-на Ленинградской обл. Похоронен в братской могиле п. Свирьстрой Лодейнополского р-на Ленинградской обл. Сообщено жене Митюковой Наталье Ивановне, д. Средняя Муя.
Михеев Алексей Николаевич родился в 1920 году в д. Средняя Муя. Призван в 1940 г. Усть-Удинским РВК. Рядовой, стрелок. Пропал без вести в марте 1945 г. Сообщено отцу Михееву Николаю Лаврентьевичу, д. Средняя Муя.
Михеев Василий Титович родился в 1918 году в д. Средняя Муя. Призван в 1939 г. Усть-Удинским РВК. Рядовой, стрелок. Пропал без вести в ноябре 1941 г. Сообщено отцу Михееву Титу Лаврентьевичу, д. Средняя Муя.
Михеев Михаил Ивлевич родился в 1903 году в д. Средняя Муя. Призван в августе 1941 г. Усть-Удинским РВК. Рядовой, стрелок. Пропал без вести в декабре 1942 г. Сообщено жене Михеевой Анастасии Ивановне, д. Средняя Муя.
Михеев Семён Иванович родился в 1907 году в д. Средняя Муя. Призван 20.07.1941 г. Усть-Удинским РВК. Рядовой, стрелок. Пропал без вести в октябре 1942 г. Сообщено жене Михеевой Марии Константиновне, д. Средняя Муя.
Пентюхов Григорий Демидович родился в 1921 году в д. Средняя Муя. Призван 3 сентября 1940 г. Усть-Удинским РВК. Гвардии ефрейтор, разведчик взвода управления 358-го гвардейского зенитно-артиллерийского полка 8-го гвардейского мех. корпуса 1-й гвардейской танковой армии 1-го Белорусского фронта. Пропал без вести в апреле 1945 года. Сообщено отцу Пентюхову Демиду Филипповичу, д. Средняя Муя.
Перед войной Григорий был призван на действительную, службу на Дальний Восток, служил в морской пехоте. Когда началась война с Германией, в октябре 1941 года воинская часть, в которой он служил, был направлена под Москву. Отсюда и начался его боевой путь, окончившийся под стенами Берлина. А дальше – неизвестность. В извещении скупые слова – в апреле 1945 года пропал без вести…

Пентюхов Прокопий Иванович родился в 1905 году в д. Средняя Муя. Призван 20 июля 1941 г. Усть-Удинским РВК. Рядовой, стрелок. Пропал без вести в июне 1942 г. Сообщено жене Вологжиной Ефросинье Семёновне, д. Средняя Муя.
Пентюхов Яков Андреевич родился в 1917 году в д. Средняя Муя. Призван в июле 1941 г. Якутским РВК. Рядовой, стрелок. Пропал без вести в феврале 1945 года. Сообщено отцу Пентюхову Андрею Ивановичу, д. Средняя Муя.
Чепкасов Георгий Миронович родился в 1923 году в д. Средняя Муя. Призван Жигаловским РВК. Рядовой, стрелок 1348-го стрелкового полка. Пропал без вести в августе 1941 года. Сообщено отцу Чепкасову Мирону Исаковичу, д. Средняя Муя.

Ветераны Великой Отечественной войны д. Усть-Муи:

Анциферов Владимир Кириллович родился в 1926 году в д. Средняя Муя. Призван 27.11.1943 г. Усть-Удинским РВК. Рядовой, стрелок 390-го отдельного зенитного артиллерийского дивизиона 94-й дивизии ПВО Забайкальской армии ПВО.
На фронт был призван со школьной скамьи. С 10 класса, сначала проходил обучение. После военных курсов поехал домой в 1942 году и снова ушел на фронт, не доехав до дома, забрали прямо с поезда. Плавал на подводной лодке, лодка затонула, 4 дня находилась под водой, пока их не спасли.
Награжден медалью «За победу над Японией».

Катунцев Андрей Данилович родился в 1913 году в д. Средняя Муя. Призван 6 сентября 1941 г. Усть-Удинским РВК. Старший лейтенант, командир взвода 523-го стрелкового полка 188-й стрелковой дивизии 37-й армии 3-го Украинского фронта. Был ранен в сентябре 1944 года. Сообщено жене Катунцевой Евдокии Алексеевне.
Награждён медалью «За боевые заслуги».

Митюков Ефим Михайлович родился 17 января 1910 года в д. Средняя Муя. С 1929 года работал в сельхозартели «Путь Ленина» Средне Муйского сельсовета. В 1939 году был принят на работу в Усть-Удинское сельпо в качестве заготовителя. Был женат, имел двоих детей дочь Любу и сына Валентина.
Призван 20.07.1941 г. Усть-Удинским РВК. Ефрейтор, сапёр 294-го отдельного сапёрного батальона 114-й стрелковой дивизии Карельского фронта.
После войны работал председателем правления сельпо. Женился второй раз. В январе 1955 года принят на работу в отдел по строительству в колхозах плотником. В марте 1956 года начал работать в Усть-Удинском лесхозе лесником, где проработал 23 года. Женился в третий раз, в этом браке четверо детей: два сына жены и две совместных девочки: старшая дочь – Галина и младшая – Татьяна. С женой Зинаидой Николаевной с 1956 года проживали в Усть-Малое, куда попали после распределения на работу в лесхозе. В 1985 году переехали в Усть-Уду.
Награждён медалями «За оборону Советского Заполярья», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».
Ефим Михайлович умер в 2003 году.

Митюков Кузьма Михайлович родился в 1901 году в д. Средняя Муя. Призван 13 января 1942 г. Усть-Удинским РВК. Рядовой, пулемётчик 861-го стрелкового полка 294-й стрелковой дивизии 54-й армии Ленинградского фронта.
Награждён медалями «За отвагу», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».
Кузьма Михайлович умер в 1965 г.

Окороков Михаил Афимьевич родился в 1915 году в д. Средняя Муя. Призван 07.06.1941 г. Усть-Удинским РВК. Младший сержант, орудийный номер 1-й батареи 584-го полка 199-й стрелковой дивизии 49-й армии Западного фронта.
Михаил Афимьевич проходил службу в 584-м стрелковом полку сначала артиллеристом, затем шофёром – подвозил боеприпасы на линию огня. Война мало кого щадила, но Михаилу как-то удивительно везло: на фронтовых дорогах он потерял несколько машин, сам же лишь легкие ранения получал и дошёл – таки до Берлина.
Награждён тремя медалями «За отвагу», медалями «За освобождения Варшавы», «За взятия Кенигсберга», «За взятия Берлина», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».

Пентюхов Василий Мартынович родился 13 марта 1924 года в д. Средняя Муя. Призван 18.08.1942 г. Усть-Удинским РВК. Сержант, командир 3-го отделения 1-го взвода пулемётной роты 1242-го стрелкового полка 374-й стрелковой дивизии 1-й ударной армии Ленинградский фронта.
В 1941 году, когда грянула война, Василий Мартынович хотел пойти добровольцем на фронт, да годков не хватило, был направлен в школу ФЗО в г. Черемхово. После получения специальности был направлен в оборонную промышленность, работал на заводе им. Куйбышева в г. Иркутск. В августе 1942 года был призван в армию в 9-й учебный полк г. Чита. В 1944 году был направлен в Туркестанское пулемётное училище.
После войны работал в РайФО, в леспромхозе, председателем колхоза «Путь Ленина», с 1967 года председателем сельсовета. У Василия Мартыновича с женой Клавдией Кузьминичной шестеро детей: Лида, Нина, Евдокия, Володя и братья близнецы Иван и Алексей.
Награждён медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».
Умер Василий Мартынович 17.05.1993 г.

Пентюхов Владимир Фролович родился 31 июля 1927 года в д. Средняя Муя. Призван 7 мая 1945 г. Усть-Удинским РВК. Назначен в полковую пожарную команду, а затем был отправлен на Восток, в Маньчжурию, на войну с Японией.
Рядовой, стрелок 1136-го стрелкового полка 338-й стрелковой дивизии 39-й армии Забайкальского фронта. Во время вражеского артиллерийского огня получил контузию позвоночника. В 1951 году был уволен в запас, работал директором в Пировском Доме культуры, в редакции газеты «Речник Енисея». Окончил вечернюю школу, затем Минусинское культпросветучилище и Высшую профсоюзную школу культуры в Ленинграде. С 1959 года член Союза журналистов СССР. С 2000 года член Союза российских писателей. Журналист, поэт, краевед.
Умер в 2009 году.

Пентюхов Игнатий Александрович родился в 1919 году в д. Средняя Муя. Призван 23.01.1942 г. Усть-Удинским РВК. Гвардии старший сержант, командир расчёта 3-й миномётной роты 99-го гвардейского стрелкового полка 31-й гвардейской стрелковой дивизии 11-й гвардейской армии 3-го Белорусского фронта.
8 апреля 1945 года при прорыве танков неприятеля под Кёнигсбергом, был тяжело ранен в плечо левой руки. После войны работал в колхозе «Путь Ленина» бригадиром животноводческих и полеводческих бригад. После затопления переехал в село Юголок. У Игнатия Александровича с женой Верой Дмитриевной трое детей. Умер ветеран в 1990 году.
Награждён орденами Славы III степени, Красной Звезды, медалями «За отвагу», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».

Пентюхов Илья Дмитриевич родился в 1925 году в д. Средняя Муя. Призван 13.01.1943 г. Усть-Удинским РВК. Рядовой, стрелок. Дальневосточный фронт.
Награждён орденом Отечественной войны II степени.

Пентюхов Лука Александрович родился в 1915 году в д. Средняя Муя. Призван 1 августа 1942 г. Усть-Удинским РВК. Рядовой, линейный надсмотрщик телеграфно-кабельной роты 906-го отдельного батальона связи 65-й армии 2-го Белорусского фронта.
Награждён орденом Отечественной войны II степени, медалями «За отвагу», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».

Пентюхов Мартын Романович родился в 1898 году в д. Средняя Муя. До революции занимался земледелием. В 1929 году вступил в коммуну, организовавшуюся в то время в деревне Средняя Муя. Позже ставшую колхозом «Путь Ленина», в котором являлся председателем колхоза.
Призван 15.03.1943 г. Усть-Удинским РВК. Рядовой, стрелок. Дальневосточный фронт. Умер в 1980 г.

Пентюхов Михаил Романович родился в 1910 году в д. Средняя Муя. Перед призывом на фронт работал председателем Средне-Муйского сельского совета. Призван 07.01.1943 г. Усть-Удинским РВК. Рядовой, стрелок.
Награждён орденом Отечественной войны II степени.

В 1961 году в связи с затоплением ложа Братского водохранилища старая Средняя Муя была перенесена с высоты над уровнем моря 370-380 м, километров на 7 выше по течению р. Муя. Это место издавна называлась Молькой. Здесь раньше был лес и колхозные поля.
На это место, где сейчас находится Средняя Муя (со слов старожилов) в 1959 году начал переселяться Шипицынский ЛПХ из Усть-Уды. Его основная задача была – подготовить территорию из зоны затопления для ложа Братского водохранилища, вырубить весь строевой лес до пуска воды. А перед вырубкой – собрать живницу-смолу деревьев. Эту работу выполняли вздымщики из Приангарского химлесхоза.
В связи с тем, что на территории бывшего Средне-Муйского сельсовета разместился крупный леспромхоз «Усть-Удинский», а Шипицинский сельсовет присоединен к Юголукскому сельскому совету решением № 576 от 03.11.1967 года в селе Средняя Муя вновь образован сельский совет с включением в состав его территории населённых пунктов Средняя Муя, Дальняя Муя и участок Зинковский.
Председателем сельского Совета долгое время работал Пентюхов Василий Мартынович, а секретарём Вишнякова Людмила Алексеевна. Пентюхов В.М. перешёл на работу в партийные органы, стал секретарём парторганизации Усть-Удинского ЛПХ, а на должность председателя сельского Совета была избрана Митюкова Нина Алексеевна. После Нины Алексеевны председателем с/с был Рогожин Валерий Борисович.
В 1985 году была избрана председателем Средне-Муйского сельского Совета Ларионова Фаина Дмитриевна, возглавлявшая до этого более десяти лет Средне-Муйскую школу. Фаина Дмитриевна возглавляла сельский Совет один созыв, т.е. 2 года. За этот небольшой период Ларионовой Ф.Д. была проделана значительная работа: воздвигнут памятник Советскому солдату; активизировалась работа общественных организаций, таких как женсовет, административная комиссия; налажена работа депутатского корпуса; главное – преобразился поселок, стал чистым, привлекательным.
В 1987 году была избрана председателем исполнительного комитета Средне-Муйского сельского Совета народных депутатов Дунаева Наталья Ивановна.